軟件結構設計是軟件設計的重要環節，必須在充分理解控制系統硬件設計和軟件功能任務書的基礎上進行。對于規模較小的除塵系統，這一環節往往被忽視，會給后續的程序設計和軟件調試、維護留下困難。

軟件結構設計應遵循軟件模塊化結構的原則。一般情況下，采用按功能劃分模塊的方法。根據軟件功能任務書，對要實現的功能合理分解，將軟件分解成若干個功能模塊，編制軟件功能模塊組成圖表。標明每個模塊的序號代碼、名稱、任務、輸入條件、輸出條件等,對模塊之間的邏輯關系要詳細描述.

一般袋式除塵系統可按下述方法劃分軟件功能模塊：

1） 系統控制主程序模塊；

2） 清灰控制子模塊；

3） 煙氣溫度控制子模塊；

4） 卸、輸灰控制子模塊；

5） 故障檢測與自診斷子模塊；

6） 人機對話子模塊；

7） 通信子模塊。

還可以根據需要在一級子模塊的基礎上進一步劃分為二級、三級子模塊。