常采用的預處理方法有：

(1) 凝聚與絮凝。天然水體中的濁度成分主要是黏土礦物與有機物的結合體顆粒，按分散程度考慮屬膠體范圍。這類膠體顆粒粒徑微小，帶有負電荷，能長期均勻地分散在水中。將其進行混凝處理，即向水中投加某種藥劑，使水中難以沉降的顆粒互相聚集增大，最終形成絮凝體，再通過沉淀或過濾分離。

(2)過濾。過濾的目的是為了進一步截留水中懸浮雜質，從而使水澄清。可使用具有一定大小、形狀的顆粒材料，如石英砂等，形成濾料層進行水的過濾，可以不同程度地去除水中懸浮物、濁度、BOD、COD、重金屬、細菌、病毒等。除此，還有必要使用精密過濾器，以除去水中微量的懸浮雜質等。

(3)活性炭吸附。由于活性炭中有大量的孔隙，因此有巨大的吸附表面積，所以吸附能力強，無論是有機物還是無機物均會被吸附，可有效去除水中余氯、色度和一些有機物。

(4)軟化。當水源的水硬度較大時，為了防止膜結垢，需要將水軟化。可采用加入軟化劑如磷酸氫二鈉等對水進行軟化，也可采用離子交換法使水中Ca²⁺和Mg²⁺離子的濃度降低。

(5)水中鐵的去除。反滲透進水對水中鐵的含量有嚴格的限制。根據鐵在水中存在形式及價態可分別采用不同方法加以去除。如當水中溶解氧的濃度很低和水中pH值較低時，水中的鐵離子為二價鐵，并常以Fe(HCO₃)₂形式存在，可采用曝氣法或粗砂過濾法除去水中的鐵。

此外，在反滲透系統中，為了防止反滲透膜的微生物污染，對進水要進行氯化處理。在反滲透除鹽過程中，由于反滲透膜對水中CO₂，的透過率幾乎為100%，而對Ca²⁺的透過率幾乎為零，因此，當水的回收率較高時，將會導致濃水側的pH值升高和Ca“濃度增加，造成碳酸鈣在反滲透膜上結垢。為了防止這種現象產生，可在系統中加酸調節pH值。另外，有些膜要求在一定的pH值范圍內使用，當進料液的pH值超出允許范圍時，也需要進行pH值的調節。

水經預處理后，經高壓泵加壓進入膜組件，水分子通過膜滲透到產水管流出，其余進水通過濃水管排出。

膜分離工藝是以組件形式構成的，要對膜組件進行組合連接。在實際生產中，一個系統所需組件數量及其排列方式必須根據進水成分及產水量等參數而設計。組建的配置方式有一級和多級(通常為二級)配置。